Seit Januar 2013 ist Stephan Fritzsche am Helmholtz-Institut Jena und als Professor für Theoretische Physik an der Physikalisch-Astronomischen Fakultät der Friedrich-Schiller-Universität tätig. Mit seiner Arbeitsgruppe wird er insbesonders Fragen der relativistischen Quantendynamik und der Quantenelektrodynamik in starken Feldern untersuchen und so der Forschung des Helmholtz-Instituts Jena auf den Gebieten der Polarimetrie und der Röntgenforschung neue Impulse verleihen.
Während der letzten Jahre war Fritzsche an der Oulu Universität in Finnland und am Frankfurt Institute of Advanced Studies (FIAS) tätig, wo seine Schwerpunkte bei der Struktur und Dynamik endlicher Quantensysteme lagen und mit Anwendungen vor allem in der optischen sowie der Atom- und Kernphysik. Diese Themen sind besonders relevant für die beiden Forschungsprojekte FAIR (Facility for Antiproton and Ion Research) an der GSI Helmholtzzentrum für Schwerionenforschung GmbH in Darmstadt und XFEL (X-Ray Free-Electron Laser) am DESY in Hamburg.
In den kommenden Jahren wollen Fritzsche und seine Arbeitsgruppe neue Methoden entwickeln, mit denen sich die Dynamik der Elektronen in Ionen, Atomen und Plasmen in starken Feldern besser modellieren lässt.